Во-первых, следует уточнить, пустой или наполненной стопкой.
Во-вторых, версий всё равно будет много.

Если с пустой стопкой всё более-менее ясно (наиболее вероятная версия, пустой стопкой стучат по барной стойке, прося бармена повторить напиток), то с полной сложнее.
Есть версия, что этот жест – остатки обычая жертвования богам. В древнем мире часть вина выливалась на алтарь (или на землю или блюдо, если алтаря поблизости не оказывалось), соответственно, часть спиртного, выплеснувшегося при ударе, с натяжкой, но тоже может сойти за жертву.

Есть версия, что посетитель бара, ударяя полученной стопкой о стойку, говорит что-то вроде тоста, в котором благодарит и делает здоровья всем сотрудникам заведения.
Существует и более «эгоистичная» разновидность этой версии: подобным образом человек пьёт за здоровье своих близких (с которыми он был бы не прочь выпить, но прямо сейчас не может).
Но есть этому поведению ещё одно объяснение – это «игра» текила-бум.

Правила игры просты: в кабаллито, небольшую стопку с толстым дном, напоминающую копыто лошади (по крайней мере, у того, кто её так назвал, были именно такие ассоциации: кабаллито в переводе с испанского – маленькая лошадка) наливается текила и газировка. Полученная смесь ударяется о стойку бара и очень быстро выпивается.
При ударе пузырьки газа из газировки начинают выделяться быстрее, и если стопку выпить очень быстро, то напиток сильнее ударит в голову. Надо полагать, эта забава очень нравится барменам: стопки опустошаются до того, как посетитель разбирает, какого качества напиток в них налит.